台南行政執行署於九十年一月一日成立,原機關成立名稱為法務部行政執行署臺南行政執行處,配合政府組織再造,於101年1月1日機關更名為法務部行政執行署臺南分署。
行政執行制度之宗旨,在於落實公權力,養成人民守法守分之法治觀念,達成行政機關依法行政之目的。本分署依行政執行法、強制執行法等法規暨相關行政規則辦理公法上金錢給付義務之行政執行事件。
台南行政執行署於機關成立時,繼受原地方法院(臺灣臺南地方法院)辦理尚未結案之財務與罰鍰案件外,並受理各移送機關依相關行政法規移送案件,由於執行案件數量相當龐大,惟有注入企業化之經營理念,追求低成本、高效率之績效管理制度,方能永續發展。
值此政府財政困難之際,如何運用企業經營之理念,以投入最小人力與物力,獲致最大之產出效益,發揮行政執行機關設置之功能。一方面伸張公權力、確保國家公法上金錢債權之實現、提昇執行績效、增加政府財政收入;另一方面遵守依法行政並依公平合理之原則,兼顧人民權益之維護,乃為本分署未來所面對之最重要課題。